【佳學(xué)基因檢測】在LINUX操作界面讀取數(shù)據(jù)庫中的基因檢測數(shù)據(jù)
BASH語句、命令介紹
Bash (GNU Bourne-Again Shell) 是許多Linux發(fā)行版的默認Shell 。事實上，還有許多傳統(tǒng)UNIX上用的Shell，例如tcsh、csh、ash、bsh、ksh等等，Shell Script大致都類同，當您學(xué)會一種Shell以后，其它的Shell會很快就上手，大多數(shù)的時候，一個Shell Script通?？梢栽诤芏喾NShell上使用。
bash是大多數(shù)Linux系統(tǒng)以及Mac OS X默認的shell，它能運行于大多數(shù)類Unix風(fēng)格的操作系統(tǒng)之上，甚至被移植到了Microsoft Windows上的Cygwin系統(tǒng)中，以實現(xiàn)Windows的POSIX虛擬接口。此外，它也被DJGPP項目移植到了MS-DOS上。
bash的命令語法是Bourne shell命令語法的超集。數(shù)量龐大的Bourne shell腳本大多不經(jīng)修改即可以在bash中執(zhí)行，只有使用了Bourne的特殊變量或內(nèi)置命令的腳本才需要修改。 bash的命令語法很多來自Korn shell (ksh) 和 C shell (csh)， 例如命令行編輯，命令歷史，目錄棧，$RANDOM 和 $PPID 變量，以及POSIX的命令置換語法： $(...)。作為一個交互式的shell，按下TAB鍵即可自動補全已部分輸入的程序名、文件名、變量名等等。
如何采用循環(huán)語句一次性獲得多個基因檢測數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)？
#!/bin/bash ###進入bash目錄
mkdir data ###創(chuàng)建data文件夾
mkdir data ###創(chuàng)建data文件夾
cd data ###轉(zhuǎn)向數(shù)據(jù)文件夾
for i in `seq 25 40`; #### 創(chuàng)建反復(fù)讀取文件名尾數(shù)從25到40
do ####循環(huán)開始
mkdir DRR0161${i}; ###創(chuàng)建子文件夾
cd DRR0161${i}; ###進入到子文件夾
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_1.fastq.gz; ####根據(jù)生成地址名，并從地址名下載基因檢測數(shù)據(jù)一端
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_2.fastq.gz; #####生成地址名，并從地址名下載基因檢測數(shù)據(jù)另一個讀取文件
cd ..; ###返回到數(shù)據(jù)文件夾
done ####循環(huán)結(jié)束
cd ..
(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)
