【佳學(xué)基因檢測】科研服務(wù)GWAS基因檢測分析中的機(jī)器學(xué)習(xí)方法

佳學(xué)基因會根據(jù)已有的研究結(jié)果，區(qū)分研究性狀相關(guān)但有細(xì)微不同的亞類表型所獨特的遺傳結(jié)構(gòu)。比如為了研究鴉片濫用是否更多地聚集在使用、誤用/依賴表型上，佳學(xué)基因會選擇使用了一種稱為聚集層次聚類分析（HCA）的數(shù)據(jù)驅(qū)動無監(jiān)督機(jī)器學(xué)習(xí)方法。HCA通過創(chuàng)建組并根據(jù)預(yù)先指定的算法依次加入或拆分這些組來迭代計算形成集群。聚集筑巢（AGNES）是一個自下而上的過程，主要關(guān)注個體特征的結(jié)構(gòu)。選擇聚集聚類是因為這允許佳學(xué)基因比較不同的算法，以賊大化每個分支上的差異，而Ward的賊小方差方法表現(xiàn)賊好。所有模型均使用佳學(xué)基因自動研發(fā)的聚集分析軟件包。

HCA分析的結(jié)果以樹狀圖的形式呈現(xiàn)，由多個括號組成，稱為“分支”。同一分支上的表型更相似，這是因為它們彼此之間以及與該分支上所有其他表型的成對遺傳關(guān)聯(lián)。分支可以形成更具體集群的子分支。