NeoAg是通過不同的機制產(chǎn)生的，如非同義單核苷酸變異（ns-SNV）、插入和缺失（INDEL）和基因融合。這些新序列加工產(chǎn)生的突變肽必須與MHC分子結(jié)合并呈遞到細胞表面，以便它們賊終被逃脫中央耐受機制的T細胞受體（TCR）識別。對這些序列缺乏耐受性是一種常見的事件，因為它們不是由健康細胞表達的，但由家族性癌癥突變產(chǎn)生的新Ag除外。

在不同的新抗原中，賊常見的是那些源于ns-SNVs的新抗原，因為在大多數(shù)情況下，在不同的腫瘤類型中，發(fā)現(xiàn)的大多數(shù)新抗原特異性T細胞都識別ns-SNVs。然而，鑒定出ns-SNVs特異性T細胞的比例較高可能是有偏見的，因為鑒定ns-SNVs的方法通常比鑒定INDEL或基因融合抗原的方法更成熟和高效。此外，ns-SNVs不會受到非編碼介導(dǎo)的衰變（NMD）機制的影響，該機制會消除具有早期終止密碼子的轉(zhuǎn)錄本，而這些密碼子通常是在發(fā)生移碼后產(chǎn)生的。產(chǎn)生新抗原（包括源于ns-SNVs的新抗原）可能通過兩種不同的機制：1）增強突變肽與MHC分子的結(jié)合；2）在TCR接觸位點產(chǎn)生不同的氨基酸。通過使未在其原始序列上呈現(xiàn)的肽可見或產(chǎn)生新的序列以被一組新的TCR識別，這些突變在腫瘤抗原性中起著重要作用，因為它們可以誘導(dǎo)高度腫瘤特異性的T細胞反應(yīng)，并且與正常細胞的交叉反應(yīng)風(fēng)險較低。然而，與鑒定出的所有ns-SNVs相比，源于ns-SNVs的免疫原性抗原的數(shù)量較少，這表明只有一小部分突變序列是真正的免疫原性新抗原。通過使用T細胞刺激試驗或MHC多聚體技術(shù)對含突變肽的免疫原性進行系統(tǒng)研究，已經(jīng)證明在不同腫瘤（如卵巢癌、胃腸道癌和黑色素瘤）中，只有一小部分肽具有免疫原性并產(chǎn)生T細胞反應(yīng)。在某些情況下，這可能與氨基酸變化有關(guān)，這些變化不符合上述T細胞有效識別的兩個標(biāo)準(zhǔn)之一。然而，在其他情況下，盡管存在與免疫原性相容的肽結(jié)構(gòu)特征，但免疫抑制的腫瘤微環(huán)境可能會阻止新抗原特異性免疫力的激發(fā)。